Organizację wewnętrzną Instytutu odzwierciedla jego struktura organizacyjna, opisana w  Regulaminie Organizacyjnym wprowadzonym Zarządzeniem Dyrektora Nr 4 z dnia 20 grudnia  2022 r.

W strukturze organizacyjnej Instytutu przyjmuje się następujące poziomy zarządzania dla jednostek organizacyjnych:
L1 - poziom Dyrektora Instytutu,
L2 - poziom Zastępców Dyrektora Instytutu,
L3 - poziom Centrów/Departamentów/Głównego Ksiągowego realizujących funkcje kluczowe – kierowanych przez kierowników o wyższej randze organizacyjnej,
L4 - poziom Grup/Laboratoriów realizujących funkcje kluczowe oraz poziom Działów realizujących funkcje wspomagające  – kierowanych przez kierowników o wyższej randze organizacyjnej,

Na dalszych poziomach (L5+…Ln) znajdują się pozostałe, niższe, stanowiska organizacyjne (Sekcje).

Funkcje zarządzania w Instytucie, z zastrzeżeniem odpowiedzialności i uprawnień Dyrektora Instytutu określonych w statucie, są rozdzielone i umiejscowione w następujących Obszarach:
• Obszar Dyrektora Instytutu (DN),
• Obszar Dyrektora ds. Badawczych i Komercjalizacji (DB),
• Obszar Dyrektora ds. Finansowych i Operacyjnych (DF).

W skład Obszarów wchodzą komórki organizacyjne w randze Centrów, Departamentów, Grup badawczych i Działów, które mogą składać się z komórek organizacyjnych o niższej randze, nie wyszczególnionych w Regulaminie Organizacyjnym.